История КОУ "Нефтеюганская школа-интернат для обучающихся с ограниченными возможностями здоровья" началась в 1969 г., когда на базе средней школы №3 открылись первые вспомогательные классы.
С 1974 г. школа- интернат становится самостоятельным образовательным учреждением.
С 1975 г. в интернате проживает 30 детей из Нефтеюганского района.
В декабре 1989 г. школа- интернат переезжает в новое здание по адресу- г. Нефтеюганск, 11 микрорайон, здание 121.
В настоящее время образовательное учреждение имеет современную материально- техническую базу: учебные классы, мастерские, библиотеку, специализированные кабинеты (психологический, логопедический, медицинский, кабинет домоводства, комната М. Монтессори), учебно-опытный участок, столовую, жилые помещения интерната, игровые комнаты